历史记录
1946年2月17日的上海《大公报》第二版，标题是《南京大屠杀案首期调查工作结束 惨死同胞约三十万》，原文如下：
(1)山本部队集体屠杀二百人;
(2)大野部队任意屠杀三人。
(3)中岛部队集体屠杀二十六万三千八百三十三人，任意屠杀三百六十六人，暗杀一百八十九人，伤害二十人，强奸五人，拒奸致死八人，抢劫勒索三二人，烧死一百七十八人，强制服役三人。
(4)长谷川部队集体屠杀一千六百人，任意杀害二人，勒索二人，烧死二人。
(5)支那派遣军任意杀害三人，勒索二人，烧死二人。
(6)西部部队杀害四人，伤害二人，勒索一人，烧死三人。
(7)畑中部队集体屠杀五百人，暗杀一人，烧死二人。
(8)特务机关任意屠杀三人，暗杀一人，烧死二人。
(9)特务机关任意屠杀三人，暗杀一人，烧死一人，
(10)金条部队任意屠杀二人，烧死一人。
(11)日空军炸死六人。
(12)日海军任意屠杀十人，暗杀二人，烧死一人，轰炸死五人。
(13)横口部队任意屠杀一人。
(14)登一六二九部队毙死二人，强制服役一人。
(15)箕浦部队集体屠杀三十八人，伤害一人。
(16)山田部队任意屠杀二人。
(17)后藤部队酷刑二人，火毁一人。
(18)一六二五部队任意屠杀一人，暗杀一人，烧死二人。
(19)多摩部队有以俘虏作实验材料罪证。
(20)大熊部队任意杀害三人。
(21)冢部部队烧死一人。
(22)石岗(缺)。[合计]集体屠杀29万4921人，任意屠杀403人，暗杀203人，酷刑42人。虏役41人，强奸14人，轮奸5人，强奸致死8人，强盗30人，勒索5人，烧死196人，轰炸死14人，强征服役8人，共29万5890人。敌商敌儒之各种罪行尚不在内。调查委员会并分函各社团扩大宣传，再鼓励人民赶快举发。
日方辩解
“南京大屠杀并不存在，一切都是正常的战争伤亡。”这是多年来日本右翼分子对侵华日军南京大屠杀暴行的辩解之词。
收尸记录
据统计，国际红十字会在南京城内外掩埋尸体总计43,121具，南京红十字会收埋22,371具，慈善机构崇善堂收埋112,267具，慈善机构同善堂共埋尸7,000余具，鸡鹅巷清真寺王寿仁以“南京回教公会掩埋队”名义掩埋回族尸体400余具。仅此5个慈善团体收埋尸体就达18.5万余具。另有中国平民芮芳缘、张鸿儒组织难民30余人掩埋尸体7,000余具;湖南木商盛世征雇工，收埋上新河地区死难者遗体28,730具。
此外，日军支持的傀儡政权对尸体也进行了掩埋。如伪下关区公所在下关、三汊河一带收埋尸体3240具;第一区公所在城东南一带收埋尸体1,233具;南京市政公署命伪卫生局于1939年1月收集中山门外灵谷寺一带遗骨3,000具，葬于灵谷寺之东，立“无主孤魂碑”记录埋尸经过。
南京沦陷前，日军曾在上海、苏州、嘉兴、杭州、绍兴、无锡、常州等地屠杀平民。有日本部分历史学家曾经怀疑中方声称的三十万被杀平民，实际上包括了这批南京以外被杀的华东人口。而中国历史学家认为若华东地区被杀人口也计算在内的话，总数可能高达一百万人。
根据孙宅巍(江苏省社会科学院研究员)、高兴祖(南京大学教授)的研究认为死亡30万人以上。
广田弘毅在致日驻美国大使馆电中承认日军在南京等地用血腥手段使“不少于30万的中国平民遭杀戮”