图腾说
原始社会的先民常用某种动物、无生物或自然现象的图形作为本氏族的保护神和标志，即图腾。《山海经》诸如人和野兽的混合形象形象就是远古各地的图腾神。夏族的图腾是熊或鱼，商族的图腾是玄鸟，周族的图腾则有龙、鸟、龟、犬、虎诸说。十二生肖除龙为虚幻之物，其余皆是日常可见。其中可分两类，即“六畜”（马牛羊鸡狗猪）和“六兽”（鼠虎兔龙蛇猴），前者是人们为了经济目的而驯养，后者则一定程度骚扰人类生活，先民对其心生畏惧的动物。因此这些动物被作为本氏族的名号标记来崇拜。
民族学者刘尧汉从彝族的图腾遗迹，反推“十二兽历”的'来源，桂西彝和毛道彝的十二兽历法将人与纪历十二兽同列，“是原始人人兽不分的思想意识在现实的遗留”。至今彝族仍用十二兽历纪日并用于集市之名（如虎街、兔街）。《史记·五帝本纪》记述黄帝“教熊罴貔貅躯虎，以与炎帝战于阪泉之野”，文中所言是各部落图腾，绝非真有降龙伏虎本领。十二生肖来源于原始社会的图腾崇拜，成令人信服的学说。
外来说
清代赵翼在《陔余丛考》中，“盖北俗初无所谓子丑寅卯之十二辰，但以鼠牛虎兔之类分纪岁时，浸寻流传于中国，遂相沿不废耳”，认定生肖的外来性质。
郭沫若在《释干支》中，认为生肖源于巴比伦的黄道十二宫，汉代西域诸国仿十二宫而造十二生肖。古希腊、古埃及、巴比伦等古国也有类似的十二生肖，仅动物不同，由此中国的生肖也许并非首创。但秦简的出土推翻此说，世界各国都有类似的动物崇拜，反加强图腾说的合理性。
这两个是我知道的